El mejor método para recuperar la contraseña de root perdida es utilizar el LiveCD. Sigue estos pasos:
1- Bootea desde el LiveCD
2- Ejecuta el comando fdisk, luego utiliza la opción p para conocer el dispositivo relativo a tu partición boot y root.

# fdisk  /dev/sda

The number of cylinders for this disk is set to 9726.
There is nothing wrong with that, but this is larger than 1024,
and could in certain setups cause problems with:
1) software that runs at boot time (e.g., old versions of LILO)
2) booting and partitioning software from other OSs
   (e.g., DOS FDISK, OS/2 FDISK)

Command (m for help): p

Disk /dev/sda: 80.0 GB, 80000000000 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 9726 cylinders
Units = cylinders of 16065 * 512 = 8225280 bytes
Disk identifier: 0xa08da08d

   Device Boot      Start         End      Blocks   Id  System
/dev/sda1   *           1          13      104391   83  Linux
/dev/sda2              14         256     1951897+  82  Linux swap / Solaris
/dev/sda3             257        9726    76067775   83  Linux

3- Monta la partición sda3 (o equivalente)

# mount /dev/sda3 /mnt/gentoo

4- Haz un chroot en el entorno montado

# chroot /mnt/gentoo /bin/bash
# env-update
>> Regenerating /etc/ld.so.cache...
# source /etc/profile
# export PS1="(chroot) $PS1"

5- Cambia la contraseña de root

#passwd

6- Bootea sin el LiveCD
Si no dispones del LiveCD, deberás bootear el sistema en modo single user para resetear la contraseña de usuario.
Debes pasar la opción init=/bin/sh al kernel vía el menú bootloader.
Cuando el sistema inicie, iniciará una shell de root, el disco será montado en modo solo lectura, será necesario montarlo en modo escritura/lectura (es necesario reemplazar en el siguiente comando ROOT por la partición root basándose en el ejemplo visto anteriormente utilizando sda3):

mount -o rw,remount /dev/ROOT

Luego habrá que editar el fichero /etc/shadow y eliminar la contraseña encriptada. Reinicializa la contraseña de root con el comando passwd y reinicia el sistema.

PD: El artículo original fue escrito por wjaouadi, contribuidor de CommentCaMarche