Yo encontre la solucion a este problema buscando en esta misma pagina y la solucion fue posteado por otro fulano lo cual dio un trucario que lo puse en practica y me funciono, me reaparecio las carpetas ocultas despues de que el virus pisado me las habia convertido en .exe.
primero le pase dos antivirus, ESET y el otro fue kaspersky 2009 y le mande los virus a la mierda, los cague a trompadas.
el truco es el siguiente, le das en inicio, todos los programas y les das a accesorios y eleliges simbolo del sistema (el ambiente DOS o bat como le llamo el fulano) y le usas comandos de DOS lo puede hacer directamente desde el discoduro o te pasas a la raiz de tu usb, para pasarte a la usb escribes por ejemplo si le corresponde la letra H le pones H: en ambiente DOS y te pasa a la raiz de H:\> y ya estando aqui escribes lo siguiente:
attrib -r -a -s -h E:\*.* /S /D
attrib -r -a -s -h F:\*.* /S /D
attrib -r -a -s -h G:\*.* /S /D
attrib -r -a -s -h H:\*.* /S /D
escribes una de las lineas arriba dependiendo la unidad que le corresponde a tu USB y listo tus carpetas apareceran como magia.
despues de aplicarlo te da una respuesta de negado por un recycler pero cuando ingresas de nuevo al usb despues de aplicar este comado ya aparecieron.
disculpa la fecha, pues hasta ahora tuve este problema y acabo de ver este post, espero que te sirva mas adelante por si formateste tu memoria.
Autorun gen trojan carpetas exe