Ovalis,
Te doy un consejo, o mas bien una idea.
Mira, mas o menos no se bien los procesos que necesitas hacer, pero lo qe yo haria, es crear un hilo "Superior" por llamarlo asi, y que ese hilo cree los otros con los procesos que necesitas hacer, elemplo.
Si necesitas que un hilo setee una casilla y otro hilo otra, crea un hilo superios con los dos argumentos de seteado, y que el metodo run de ese hilo largue dos hilos uno para cada casilla y cada uno con su argumento...
La verdad no se si me explico..
Lo que necesites si puedo te doy una mano.. La verdad es que estoy empezando en java y esta Buenisimo..
Salu2!
Como programar java