Lo primero descartar que sea un virus usando como mínimo un par de programas antivirus. Yo recomiendo housecall y algún otro.
Si no es problema de virus solo hay que encontrar el programa, driver o elemento que produce la ralentizacion y para esto lo más rápido es:
1º En windows xp inicio-ejecutar-msconfig en vista y 7 inicio-msconfig. Pulsamos enter y accedemos.
2º Pestaña inicio y desmarcar todo. Aplicar y reiniciar. Si continua lento al reiniciar volvemos a marcar todo y vamos a la pestaña servicios. Si al reiniciar va a buena velocidad ya sabemos que el problema está en alguno de estos programas que hemos desactivado. Activar 1 a 1 reiniciando hasta encontrar el problematico y dejarlo desactivado.
3º En la pestaña servicios desmarcamos todo, reiniciamos y comprobaremos que inicia bien. Ahora debemos encontrar el servicio problematico igual que en el paso 2 marcado 1 a 1 y reiniciando hasta encontrar el que da el problema. Como hay muchos servicios podemos acelerar el proceso marcando, por ejemplo, la mitad de los servicios y dejando desmarcados la otra mitad. Reiniciamos y ya podemos descartar una de las mitades por deducion. Continuamos así hasta encontrar el servicio que da el problema