Las puedes borrar perfectamente como te dijo él anterior. Pero si lo que quieres es no dejar ningún rastro de dichas conversaciones, hay que utilizar unas herramientas muy complejas y caras, date cuenta que aunque formatees el disco duro, los datos pueden seguir ahí, aunque tu no los veas , la policía cientifica tiene herramientas capaces de recuperar dichos archivos.
Cuando escribes en el disco duro, estos datos se van grabando en sectores distintos del mismo, existen herramientas básicas de recuperación incluso despues del formateo (BORRAR TODO EL HD), si lo que realmente te preocupa es que alguien de tu entorno no pueda leeer o ver esos datos, con borrarlos tienes, pero si el pc es intervenido por la autoridad o cualquier otra razón análoga, lo que yo haría es dehacerme del mismo.