Generalmente estos archivos autorun.inf alojados en medios extraibles suelen estar escondidos y protegidos contra escritura. Para eliminarlo manualmente debemos hacerlo desde cmd.
ctrl+R , cmd (o inicio-ejecutar-cmd)
(en vista: inicio, escribir cmd y btn. derecho "ejecutar como administrador")
vamos al dispositivo en cuestión (si el sistema le asignó "F" por ejemplo, escribir "F:" sin comillas y dar enter)
aparecerá algo como F:\>
escribimos: attrib -S -H -R autorun.inf
y damos enter.
luego: del autorun.inf
y damos enter
ya con esto debieras poder eliminar el archivo autorun.inf. lo mismo debieras hacer con el archivo infectado, ya que el archivo autorun.inf lo unico que hace es decirle al sistema qué archivo abrir cuando conectes el dispositivo.
Si aun asi no puedes borrar el archivo, la herramienta killbox te puede ayudar a borrar a la fuerza.
Espero haya sido de ayuda.
Saludos.