En Windows la longitud del "PATH" de un archivo está limitada a un número de caracteres (unos 250 aprox. corríjanme si me equivoco) por eso, según lo que indicas podría ser que entre la ruta y el nombre de archivo superases esta cantidad y fuese eso lo que te impida abrir algunos archivos.

Para confirmar que ese es el poblema prueba a copiar esos archivos en C:\Temporal\ por ejemplo e intenta abrirlos desde ahí para ver si ahora es posible abrirlos, en caso afirmativo mueve todos los archivos que no puedas abrir a una carpeta con nombre corto y que no esté muy anidada en otras carpetas.

Lo que debes evitar es tener rutas como esta:

"C:\Documents and Settings\Usuario\Escritorio\Carpeta con nombre tan largo que tardo un cuarto de hora en escribir la ruta\Otra carpeta con los mismos sintomas que la anterior y en la que tambien tardo otros veinte minutos en escribir la ruta\Documentos oficiales de la Universidad a Distancia\Nombre de archivo tambien demasiado largo para que sea una pesadilla tener que teclear toda la ruta a mano cada vez que se quiera acceder a el.doc"

Un saludo

Eso ya es más raro... prueba a instalar este programa:

http://ccollomb.free.fr/unlocker/unlocker1.8.7.exe

Este programa desbloquea los archivos que el sistema operativo tiene bloqueados y te permite hacer ciertas acciones entre las que se encuentra Mover archivos.

Instala el programa, una vez instalado pulsa con el botón derecho del ratón sobre cualquiera de los archivos que comentas, en el menú desplegable ahora _debería haber_ una acción llamada "Unlocker", pulsa sobre ella y en la ventana que se te abra elige la acción "Mover" y ponlo en un lugar de facil acceso como en C:\ por ejemplo.

Prueba ahora a abrir el archivo movido en caso de que hayas tenido éxito al mover.

Si todo va bien repite el proceso en cada archivo que necesites, si no recuerdo mal tambien funciona sobre directorios (carpetas).

Suerte.
PD: Igual después de todo, lo que ocurre es que los archivos están corruptos, ¿podría ser?