En parte es raro que al formatear a bajo nivel no se borren dichas carpetas, cosa que deberia hacerse, de virus lo dudo aun que muchos aseguren que hay virus que dejen su huella incluso despues de un formato de bajo nivel se me hace mitico, por ello deberias indicar que tipo de disco, imagino que es un IDE, de los viejos ya que de los actuales, no es tan facil encontrar herramientas para realizar ello, igual si es un sata o un SCSI, ahora en cuanto a las carpetas las puedes borrar incluso con los cd live de ubunto, el cual es de los linux mas faciles de manejar, y no sucede absolutamente nada al borrarlos, y te digo esto por que ya lo he hecho docenas de veces tras quedarme sin espacio... recycler es simplemente a donde se ba todo lo que borras y System vol es solamente la carpeta en donde se guarda la informacion mas importante de todos los programas que instalas y que dependen de dll´s, despues de que instalas windows, esto para que si se daña alguno el sistema mismo heche mano de ahi para repararlos... suerte y espero que salgas del problema