Elegir entre NTFS, FAT y FAT32Puede elegir entre tres sistemas de archivos diferentes para las particiones de disco en un equipo en que se ejecute Windows XP: NTFS, FAT y FAT32. Use la información siguiente para comparar los sistemas de archivos.

Se recomienda el sistema de archivos NTFS por las razones siguientes:

NTFS es más eficaz que FAT o FAT32 e incluye funciones necesarias para actuar como host deActive Directory así como otras funciones de seguridad importantes. Únicamente puede utilizar características como Active Directory y la seguridad basada en dominios si elige NTFS como sistema de archivos.
Puede convertir particiones a NTFS fácilmente. El programa de instalación simplifica la conversión, tanto si las particiones utilizaban FAT o FAT32 como si usaban la versión anterior de NTFS. Este tipo de conversión mantiene intactos los archivos, a diferencia de cuando se da formato a una partición. Si no necesita mantener intactos los archivos y dispone de una partición FAT o FAT32, se recomienda que dé formato a la partición con NTFS en lugar de convertirla desde FAT o FAT32. Si da formato a una partición, borrará todos sus datos y podrá empezar con una unidad limpia.
Tanto si una partición se formatea con NTFS como si se convierte utilizando el comando Convert, el sistema de archivos recomendado es NTFS. Para obtener más información acerca de CONVERT.EXE, después de finalizar el proceso de instalación, haga clic en Inicio, haga clic en Ejecutar, escriba cmd y, a continuación, presione ENTRAR. En la ventana de comandos, escriba help convert y, a continuación, presione ENTRAR.

A fin de mantener el control de acceso en archivos y carpetas y admitir cuentas limitadas, debe utilizar NTFS. Si usa FAT32, todos los usuarios tendrán acceso a todos los archivos del disco duro, independientemente de su tipo de cuenta (administrador, limitado o estándar).
El sistema de archivos que funciona mejor con discos de gran tamaño es NTFS. (El siguiente sistema de archivos que funciona mejor con discos grandes es FAT32.)
Existe una situación en la que es posible que desee seleccionar FAT o FAT32 como sistema de archivos. Si es necesario disponer de un equipo que a veces ejecute un sistema operativo de una versión anterior de Windows y otras veces ejecute Windows XP, deberá tener una partición FAT o FAT32 como partición principal (o de inicio) en el disco duro. La mayoría de las versiones anteriores de Windows no pueden tener acceso a una partición si utiliza la última versión de NTFS. Las dos excepciones son Windows 2000 y Windows NT 4.0 con Service Pack 4 o posterior. Windows NT versión 4.0 con Service Pack 4 o posterior tiene acceso a particiones con la última versión de NTFS, pero con algunas limitaciones: No puede tener acceso a archivos que se han almacenado mediante características de NTFS que no existían cuando se publicó Windows NT 4.0.

Sin embargo, para cualquier otra situación en la que no existan varios sistemas operativos, el sistema de archivos recomendado es NTFS.

Importante

Una vez que convierta una unidad o partición a NTFS, no puede volver a convertirla a FAT o FAT32 simplemente. Tendrá que volver a formatear la unidad o partición que borrará todos los datos de la partición, incluidos los programas y los archivos personales.


NTFS FAT FAT32
Un equipo en que se ejecuta Windows XP o Windows 2000 puede tener acceso a los archivos de una partición NTFS. Un equipo en que se ejecuta Windows NT 4.0 con Service Pack 4 o posterior puede tener acceso a algunos archivos. Otros sistemas operativos no permiten el acceso. Es posible tener acceso a través de MS-DOS, todas las versiones de Windows, Windows NT, Windows 2000, Windows XP y OS/2. Sólo es posible tener acceso a través de Windows 95 OSR2, Windows 98, Windows Millennium Edition, Windows 2000 y Windows XP.




Nota

Algunos programas más antiguos podrían no funcionar en un volumen NFTS, por lo que debe averiguar los requisitos actuales del software antes de la conversión.


Esta es la informacion que pude recopilar amigo
espero te sirva
es la que recomienda microsotf en ayuda y soporte de windows yo siempre que formate mi pc lo hice en ntfs y no tengo problema, con mis archivos a pesar que hay veces se me reinicia la pc pero so es un problema de los programas qu puedo usar y que entran en conflito con windor y como esta en funcion de reiniciar cuando esto s produce se pued desconectar esta funcion y en vez de riniciarse aparesera un cartel en azul diciendote el error que s produjo para mi es mas seguro qu se reinici , eso es una opinion propia espero que sto te sirva para aclara tus dudas , mi opinion es mas seguro formatear en ntfs desd santa fe un abrazo