Pos bueno a mi me paso eso y lo que tuve que hacer fue borrar todo los juegos y demas archivos eso es si te viene el CD peke que suele venir meter el CD copiar todo a la mini tarjeta y meter lo juegos como siempre a mi me paso eso, prueba aver.

Siii mira lo k tienes que hacer es ya despues de vajarlos tienes que descomprimirlos con el programa winrar en este caso no te puedo ayudar en como conseguirlo pero se que lo descargas muy facil de google en fin.
1ves que ya hayas descargados los juegos te saldra un anuncio del win zip eso significa que no esta descomprimido en todo caso si lo enviaras al disco extraible no te lo diagnosticara bueno
una ves que ya descomprimiste el win rar (pograma descomprimidor) los archivos te vendran con un divujo de unos libros encadenados , entonces seleccionas el juego que descargaste y con el clic derecho le das a la opcion extraer aqui , te esperas a que se extraiga y listo el archivo que descomprimiste envez de salir con un divujo de libros ahora lo tendras con el dibujo de una hoja en caso de que asi fue la descomprimision fue todo un exito y esta lista para enviarla al disco extraible (clic derecho,enviar a, dico extraible) saludos.

Como descomprimir con winzip

Pues me imagino que los abras descomprimido primero,si no es asi descomprime,o pasate por http://www.nuevar4dsi.com o por http://www.nintendoobsesion.com o por http://www.todopirataaqui.com y son del grupo nintendoobsesion y ellos te asesoran,la pena es que aqui en estas webs la mandan ya preparada y con juegos,asi te hubieras evitado estos problemas,y luego en su foro tienes juegos en descarga y los kernel actualizados,en http://infectus.mforos.com

Lo primero que tienes que hacer es conseguir los juegos y descomprimirlos (normalmente vienen comprimidos en .rar o .zip). Una vez descomprimido, te tienes que quedar con el fichero que acaba en .nds: ese es el juego, que podrás copiar en la targeta que tiene tu flashcard (m3ds, r4..) para poder jugar en tu DS.

Para facilitrar todo esto, os recomiendo este programa: Gestor-NDS (http://code.google.com/p/gestor-nds/)
Es totalmente gratis y está en castellano. Sirve para organizar todos los juegos que tengas y pasarlos a tu Nintendo DS, con el puedes gestionar todos tus juegos, guardar tus partidas, probar los juegos desde el PC, sincronizar la targeta de la DS, etc.

Un Saludo y espero haberte ayudado.