Deberias de instalarlo en particiones distintas... no usan el mismo sistema de archivos.

Buenas! Como dice goinazo deberias instalarlo en perticiones o discos distintos, eso si, podes usar uno a la vez. Yo recuerdo que en mi escuela utilizabamos los dos juntos (pero me parece que era una aplicacion de linux nada mas, no todo el sistema operativo),. En fin, cuando instalas windows te da la opcion de crear una nueva particion en el disco, crea la particion e instala ahi windows (te doy el ejemplo de windows porque nose como funciona linux), despues instala linux en la otra particio y listo. Deberia funcionar bien...