Problema con particiones

Hola, buenas tardes miren tengo un problema, un amigo tenia un portátil con windows vista y quería que yo le metiese windows 7. Bueno al instalarlo se reinicio y cuando pone iniciar windows me saltaba el check disk y analizaba pero cuando terminaba se apagaba lo encendía y volvía a salir lo mismo al cabo de dos días fui a ver si le podía meter el windows vista otra vez y no me iniciaba desde el pendrive entonces salio otra vez lo de check disk le di a cancelar y justo salio preparando windows para su primer uso y milagrosamente se encendió. Ahora cuando enciendo el ordenador me sale lo de chek disk le das a cancelar y inicia el windows 7 que instale.. mi pregunta es como puedo hacer para que no me salga mas lo de check disk yo creo que es esa partición que estará mal porque cuando voy a ver lo que queda de espacio disponible me salen como si tuviera dos discos duros ( supongo que son las dos particiones) y el que no tiene apenas nada de archivos dentro es el que menos espacio libre le queda y el otro que es el que mas archivos tiene en esa partición tiene mas espacio libre .. ¿porque? debería ser al revés .. bueno siento haberme enrollado tanto .. quería explicar todo bien para que no haya muchas dudas .. repito la pregunta por si han perdido el hilo ¿como puedo hacer para que no me salga mas lo de check disk e inicie windows 7 del tiron sin tener que cancelar la prueba del check disk ? muchas gracias a todos y perdonar la biblia que os he dejado