Ocultar archivos del sistema operativo

Hola, tengo un problema con mi disco duro y se llena solo... Lo he analizado y no aparece que tenga virus ni espías. Entonces, inicié el CMD con el fin de ver si tenía archivos duplicados y en C: , le quite el atributo oculto a todos los archivos y tambien desactive la casilla de ocultar los archivos ocultos del sist. operativo.
Pues bien , aqui está el problema. He vuelto a marcar la casilla para volver a ocultar los archivos ocultos del sist operativo, pero claro, ya les quité el atributo por lo tanto ya no son archivos ocultos. Asi que aunque haya vuelto a dejar las casillas como estaban, los archivos ya no son ocultos. ¿Cómo vuelvo a ponerles el atributo? y sólo a los que lo tenían antes? Del tipo Desktop.ini, photothumbs... etc
Tengo Windows 8.1.
Gracias