Eliminar Virus sin perder archivos

Buenas, mi consulta es la siguiente. Mi vieja utiliza el pendrive en diferentes lugares (escuela, locutorios, etc) lo que trajo como consecuencia que a lo largo del tiempo se haya infectado con varios troyanos, y en el último tiempo, con un virus que cambia las fechas de los archivos que se encuentran dentro del pendrive.
La cuestión es que dentro de este dispositivo se encuentra gran parte de la información de su trabajo ¿Existe alguna forma y/o programa para eliminar estos virus del pendrive sin borrar al mismo tiempo los archivos infectados? Yo por mi parte tengo instalado el avg en la pc, y la opción que me da es la de limpiar el pendrive pero borrando los archivos, lo cual no sería una solución muy viable por la importancia de dichos archivos.

Desde ya muchas gracias, Saludos