Hola,
Necesitas un programa como el Adobe Acrobat Writer ya que en principio los lectores PDF son solamente eso, lectores. Así que tendrás que buscar algún editor como el mencionado o "hacer trampa" extrayendo el texto del pdf con un programa como
http://www.softpedia.com/get/Office-tools/PDF/APDF-Text-Extractor.shtml y después de editarlo con tu procesador de textos favorito y volver a guardarlo en el formato que quieras o diréctamente con este
http://www.softpedia.com/get/Office-tools/PDF/Free-PDF-to-Word-Doc-Converter.shtml que convierte cualquier PDF a un archivo .doc de Word (ambos son gratuítos).
Para volver a guardarlo en PDF lo más fácil es usar una "impresora virtual", personalmente uso
http://www.softpedia.com/get/Office-tools/PDF/BullZip-PDF-Printer.shtml que te instala una impresora virtual. Para guardarlo, sólo tienes que imprimir el documento y en la ventana de Imprimir seleccionar BullZip PDF Printer.
Espero haberte sido de ayuda,
Un saludo
Darkmagic