Yo te recomiendo esto... Buscate el Avast! (antivirus) porque este cuando lo instalas te da la opcion de limpiar la pc antes de iniciar windows, de esta manera tambien limpia los virua antes de que se inicien, no importa si es una version trial (trial significa que te dura un determinado tiempo:Ej; 30 dias) lo instalas, pones que si cuando te de la opcion de realizar un escaneo antes de iniciar windows,reinicias la maquina y dejas que haga su trabajo, despues si queres lo desinstalas y volves a instalar tu antivirus...eso si, antes de instalar el Avast! (si es que lo instalas) vas a tener que desinstalar el que ya tenes y desconectarte de inter para que no te entren mas virus... quizas es un poco tedioso haer esto, pero da resultado.
Igual espera un poco porque quizas alguien mas te de una respuesta para que la solucion de tu problema sea mas facil! Bye!

Probá de realizar un escaneo completo antes de bootear.